Los ecosistemas naturales de la Provincia Florística de California enfrentan serias amenazas por parte de las actividades y el desarrollo humano. Aunque es un estado, la economía de California se encuentra entre las de los siete países más importantes del mundo, y es el estado más poblado y de más rápido crecimiento en los Estados Unidos.
California suministra la mitad de todos los productos agrícolas consumidos en los Estados Unidos de América cada año. Las presiones directas sobre los ecosistemas incluyen la urbanización, la contaminación, la invasión de hábitats, la expansión de la agricultura a gran escala, la minería a cielo abierto y la extracción de petróleo, las especies exóticas invasoras, la construcción de carreteras, el pastoreo de ganado, la tala, el aumento del uso de vehículos todo terreno y la supresión de incendios naturales. .
Las presiones de la población humana han convertido a California en uno de los cuatro estados más degradados ecológicamente de los Estados Unidos de América. Los pastizales nativos y los hábitats de las charcas vernales en el hotspot se han reducido a alrededor del uno por ciento de su extensión original debido a la conversión de tierras naturales en campos agrícolas y pastos para el ganado, el desarrollo urbano y la invasión de pastos exóticos. Los magníficos bosques de secuoyas, que alguna vez ocuparon 8,000 kilómetros a lo largo de la costa de California, se han reducido a 15 por ciento de su superficie original durante los últimos 150 años (aunque muchos de estos bosques se han regenerado) debido a las operaciones de tala intensiva.
Otros ecosistemas seriamente amenazados incluyen humedales, bosques ribereños y matorrales de salvia marítimos del sur, que se han reducido al 10 por ciento o menos de su área original. Los humedales son destruidos por el relleno de tierras y el desvío de agua para el desarrollo agrícola, industrial y residencial. La reducción de los humedales ha ido acompañada de una disminución posterior de las poblaciones de mariscos, peces y aves acuáticas que dependen de estos hábitats. Los bosques ribereños enfrentan amenazas por la tala, el pastoreo y el desarrollo (habiendo sido reducidos en un 90 por ciento), mientras que los matorrales costeros de salvia están amenazados por el desarrollo de viviendas, el desarrollo comercial y el uso creciente de vehículos todo terreno.
Hoy, alrededor del 25 por ciento de la vegetación original del hotspot permanece en condiciones más o menos prístinas.