Gran parte de los bosques originales del Hotspot de Biodiversidad de los Bosques Costeros de África Oriental se han perdido debido a la conversión agrícola y la urbanización; solo alrededor del 10 por ciento de la vegetación original permanece en condiciones prístinas. El hábitat restante se limita a más de 400 parches de bosque de tierras bajas, que cubren unos 6,259 kilómetros cuadrados.
La amenaza actual más importante para el hotspot es la expansión de la agricultura. Debido a que el suelo es pobre y solo puede sustentar la agricultura de subsistencia, la mayor parte del desarrollo agrícola implica cultivos migratorios a corto plazo que se concentran en cultivos alimentarios como la mandioca, el maíz, el banano, la papaya y el coco. La población humana está aumentando y la demanda de tierras de cultivo adicionales aumenta cada año. El desarrollo de la agricultura comercial, en forma de plantaciones de coco, sisal, clavo, cardamomo y marañón, también ha provocado la pérdida de bosques costeros de tierras bajas y otros hábitats naturales.
La quema de plantas leñosas para la producción de carbón provoca una gran pérdida de hábitat cerca de las ciudades costeras y junto a las carreteras principales en Tanzania, mientras que la recolección de leña representa una amenaza en áreas alejadas de las ciudades y las carreteras. Los bosques cercanos a las zonas turísticas, como el bosque de Arabuko-Sokoke cerca de Malindi y Watamu en Kenia, sufren la gran demanda de tallado en madera (Brachylaena huillensis) y madera para la construcción de hoteles, residencias privadas y atracciones turísticas.
La quema incontrolada para despejar tierras de cultivo, conducir animales para cazar, recolectar miel y reducir la mosca tsetsé también amenaza los bosques costeros de tierras bajas y los matorrales, a menudo reemplazando especies raras y endémicas de bosques costeros con especies más comunes adaptadas al fuego y de amplia distribución. La tala ilegal con técnicas de aserrado en foso también es un problema en casi todos los bosques costeros donde aún quedan árboles madereros, particularmente en el norte de Mozambique y el sur de Tanzania.
Además de importantes recursos biológicos, los países del este de África están dotados de una gran riqueza de recursos minerales; en las zonas costeras, estos incluyen gas, piedras preciosas, hierro, titanio, piedra caliza y caolín. Las prácticas mineras destructivas pueden destruir grandes áreas de hábitat natural. Las arenas costeras contienen titanio y la extracción de este mineral destruye la vegetación natural. Las arenas de sílice de alto grado para la fabricación de vidrio se extraen de depósitos en Msambweni, mientras que el hierro y el manganeso se extraen a pequeña escala en los bosques de Kwale Kaya en la costa de Kenia. También hay extensas áreas de piedra caliza a lo largo de la costa y rubíes y otras piedras preciosas en algunos de los bosques costeros de Tanzania.
Lea sobre las amenazas en el antiguo Hotspot de las Montañas del Arco Oriental y los Bosques Costeros en nuestro perfil del ecosistema (PDF - 3.4 MB), que se encuentra dentro de dos puntos críticos recientemente clasificados: los bosques costeros de África oriental y el afromontano oriental.