En la parte norte de este punto crítico de biodiversidad, dentro de la ecorregión de bosques tropicales lluviosos de Queensland, las principales amenazas incluyen especies invasoras y la fragmentación del hábitat, aunque áreas sustanciales ahora están protegidas en el Área del Patrimonio Mundial de los Trópicos Húmedos.

La fragmentación dentro de los parches de bosque a través de la construcción de carreteras y líneas eléctricas también aumenta la propagación de especies exóticas invasoras y facilita la entrada del fuego. Phytophthora cinnamomi, un moho de agua altamente invasivo que se transmite por el suelo, ha resultado en una muerte regresiva significativa de la selva tropical en algunos sitios. La contaminación de la escorrentía agrícola es una amenaza adicional.

El impacto humano es aún mayor más al sur, dentro de la ecorregión de bosques templados de Australia Oriental. La densidad de población es más alta en esta parte del hotspot y las principales amenazas están relacionadas con la tala continua de vegetación nativa para el desarrollo urbano, especies introducidas, regímenes de incendios alterados, contaminación del agua y esquemas para el uso del agua.

Las amenazas dentro de las áreas protegidas en todo el hotspot incluyen el turismo, los regímenes alterados de incendios, la eliminación de aguas residuales y las plantas y animales invasores. Las amenazas específicas para los anfibios incluyen la quitridiomicosis, que se sugiere como la causa de varias extinciones de especies recientes y se detectó por primera vez como una amenaza importante para los anfibios en Queensland en la década de 1990.