El Cuerno de África es uno de los puntos críticos más degradados del mundo, con solo alrededor del 5 por ciento de su hábitat original en condiciones relativamente prístinas. La caza descontrolada, particularmente de ungulados, es una seria amenaza en muchas partes del hotspot. Otras amenazas incluyen:

Pastoreo excesivo

Casi toda la superficie terrestre de la región se utiliza para el pastoreo, principalmente de camellos, cabras y ovejas. El sobrepastoreo y la subsiguiente degradación de la tierra es un problema en grandes áreas, particularmente cerca de los puntos de agua. La agricultura migratoria es particularmente destructiva en partes del centro y sur de Somalia, donde los matorrales y los bosques se cortan y queman para el cultivo de yuca. Los rodales de muchas especies únicas de árboles, incluido el drago en Socotra y la palma daban en Somalia, se están volviendo cada vez más maduros con poca regeneración.

Producción de carbón

La mayor amenaza para la vegetación y la biodiversidad en Somalia es la producción descontrolada de carbón vegetal tanto para las necesidades domésticas como para la exportación a los países de la región del Golfo Arábigo.

El árbol más buscado para la producción de carbón vegetal es Acacia bussei. Aunque el árbol en sí no es una especie amenazada, los bosques antes dominados por Acacia bussei están disminuyendo rápidamente a medida que la destrucción de grandes árboles cambia la composición y estructura de los ecosistemas. Los esquemas agrícolas en el Valle del Rift ya lo largo de los ríos en Somalia y Etiopía también amenazan la biodiversidad de los hábitats ribereños.

Inestabilidad política

Quizás la barrera más seria para las actividades de conservación en este hotspot es la falta de gobernanza y la inestabilidad política. La inversión extranjera y la ayuda a la región han sido particularmente escasas.

Desarrollo de infraestructura

En Socotra, las principales amenazas son el desarrollo de infraestructura, incluida la construcción de un nuevo puerto, un aeropuerto y nuevas carreteras. Aunque existe un gran potencial para el ecoturismo manejado de manera sensible en la isla, la influencia de este desarrollo en la biodiversidad debe ser monitoreada cuidadosamente.