Los impactos del aumento de la deforestación y el pastoreo excesivo, exacerbados por la duplicación de la población humana desde principios de la década de 1970, han llevado a una disminución notable de varias especies del hotspot. Muchas especies esteparias, como el Vulnerable avutarda (otis tarda), han disminuido drásticamente como resultado de la expansión agrícola y los proyectos de mejoramiento de cultivos.

La mayor amenaza para la parte turca del hotspot iraní-anatoliano es el desarrollo de planes de riego para la agricultura y la infraestructura asociada, como las represas. Por ejemplo, en la cuenca cerrada de Konya, el uso excesivo de agua para la agricultura de remolacha azucarera provocó la pérdida de muchas grandes áreas de estepa y lagos de cuenca cerrada. El lago Sevan en Armenia y los humedales de la montaña Javakheti en Georgia también están en gran parte destruidos. Y solo en el valle de Ararat, se han drenado unos 1,500 kilómetros cuadrados de pantanos para el desarrollo agrícola.

Otras amenazas que han llevado a una gran pérdida de hábitat en el hotspot incluyen el pastoreo excesivo, la cosecha excesiva de plantas leñosas para leña y la minería. Las operaciones militares en Irak, Irán y Turquía también han resultado en la pérdida de bosques y humedales. Más del 90 por ciento de las estepas naturales de la región han desaparecido, aunque las praderas alpinas que cubren las partes más altas de la zona montañosa están prácticamente intactas. En Irak, solo queda el cuatro por ciento de los bosques naturales. Las únicas áreas boscosas vírgenes se encuentran en las montañas inaccesibles del sureste de Turquía y en los territorios vecinos de Irán. En total, no más del 15 por ciento de la vegetación nativa original de este hábitat permanece intacta.