Este punto de acceso incluye el área terrestre de la nación de Japón. Mientras que la zona montañosa central de Honshu es una de las regiones con más nieve de la Tierra, el lado del Pacífico de Japón es notablemente seco. Yaku-shima, justo al sur del extremo sur de Kyushu, es uno de los lugares más húmedos del planeta, con precipitaciones anuales de más de 5,000 milímetros.

Alrededor de una cuarta parte de las especies de vertebrados que se encuentran en Japón son endémicas, incluido el pájaro carpintero de Okinawa, en peligro crítico de extinción (Dendrocopos noguchii), salamandra gigante japonesa (andrias japonés) y macaco japonés (Macaca fuscata), que es el primate no humano que vive más al norte del mundo.

Las cadenas de islas subtropicales en el sur de Japón, conocidas como islas Ryukyu o islas Nansei, sustentan una flora y fauna diferente a la de las islas principales y albergan muchas especies endémicas, incluido el conejo Amami en peligro de extinción (Pentalagus furnessi), rana de nariz de punta de Amami en peligro de extinción (Odorrana amanuensis) y la rata espinosa de Muennink, en peligro crítico (Tokudaia Muenninki).

A pesar de la superficie terrestre relativamente pequeña y la percepción general de una sociedad homogénea, Japón es tan diverso culturalmente como biológicamente, principalmente debido a las mismas razones: su complejidad geológica y geográfica.

* Para ser elegible para el financiamiento del CEPF, los países deben ser signatarios del Convenio sobre la Diversidad Biológica y ser miembros clientes del Banco Mundial. Japón no es un miembro cliente del Banco Mundial.