La principal amenaza para los bosques de Madrean Pine-Oak Woodlands es la tala. Se ha incrementado la explotación de pinos y, en menor medida, encinas para madera, volviéndose indiscriminada en algunas zonas. Además, muchos productos forestales no maderables también se están utilizando de manera no sostenible. Por ejemplo, la epífita vascular (Tillandsia usneoides) se extrae con fines ornamentales navideños en México, y una gran variedad de hongos en bosques de pino-encino, incluidas especies del género Amanita, Leccinum, Russulay Boletus, se recogen para uso culinario.
El fuego es en parte un proceso natural en este ecosistema, pero la quema intencional para fomentar la regeneración de brotes frescos para el pastoreo del ganado o para limpiar la tierra con fines agrícolas está alterando los hábitats en toda la región. En el sur de Arizona, 90 años de supresión de incendios por parte de agencias federales y estatales y la modificación de combustibles por pastoreo y otras causas, ha llevado a que los bosques de coníferas en elevaciones más altas cambien de pino ponderosa de crecimiento abierto (Pinus ponderosa) a rodales densos de coníferas mixtas.
La naturaleza fragmentada del hotspot dificulta llegar a una estimación confiable de la cantidad de vegetación original que permanece intacta. Los bosques de pino y encino alguna vez cubrieron alrededor del 21 por ciento de México, pero estos bosques restantes ahora cubren no más del 8 por ciento. Tales estimaciones, sin embargo, no tienen en cuenta los rodales que han sido afectados por el fuego y el pastoreo excesivo, por lo que parece razonable esperar que no más del 20 por ciento de la vegetación original del hotspot pueda considerarse prístina.