Como ocurre con los otros fragmentos del supercontinente Gondwanaland (Madagascar, Australia y Nueva Caledonia), Nueva Zelanda tiene niveles notables de endemismo entre plantas, aves y reptiles.
Plantas
El endemismo de plantas es muy alto en Nueva Zelanda. Cerca de 1,900 de unas 3,400 especies de plantas vasculares son endémicas. El endemismo también se extiende al nivel de género; 35 géneros de plantas no se encuentran en ningún otro lugar del mundo. Un ejemplo es el género monotípico endémico Desmoschoenus espiralis o la juncia de arena dorada de Pingao, una planta costera utilizada por los maoríes en la construcción de edificios tradicionales.
el helecho Loxsoma cunninghamii es uno de los "fósiles vivientes" del hotspot. Junto con tres especies de América Central, L. cunninghamii constituye la familia Loxsomatáceas, cuyos parientes más cercanos existieron hace 60 millones de años. El hotspot también tiene una familia endémica, la ixerbáceas, que está representada por una sola especie (Brexiodes de Ixerba).
exoticas
Cerca de 200 especies de aves ocurren regularmente en Nueva Zelanda, casi el 44 por ciento son endémicas. Desafortunadamente, la diversidad de aves existente en el hotspot representa solo una fracción de las especies que una vez ocuparon la isla. Nueva Zelanda ha sufrido 20 extinciones de aves desde 1500, incluido el reyezuelo de la isla Stephens (travesia lyalli), el único caso en el que una especie entera se extinguió por los instintos depredadores de un solo gato introducido. Otras especies históricamente extintas incluyen los moas gigantes no voladores, que podían crecer hasta más de 3.5 metros de altura, el extraño adzebill no volador (Aptornis), que pesaba hasta 10 kilogramos y no se parece a ninguna otra ave conocida, y el águila más grande del mundo, el águila de Haast (Harpagornis moorei), que se alimentaba de moa.
Varias otras especies están altamente amenazadas hoy en día, incluido el kakapo (en peligro crítico de extinción).Strigops habroptilus), un gran búho terrestre, nocturno. Tres de las cuatro amadas especies de kiwi también están amenazadas: el Vulnerable tokoeka (Apteryx australis), Vulnerable kiwi moteado (Apteryx haastii) y kiwi marrón en peligro de extinción (apteryx mantelli).
Nueva Zelanda también tiene la comunidad de aves marinas más diversa del mundo, con alrededor de 80 especies conocidas que se reproducen aquí. Al menos tres cuartas partes de las especies de pingüinos del mundo se reproducen en la región de Nueva Zelanda, incluido el pingüino endémico de ojos amarillos, en peligro de extinción (antípodas de Megadyptes).
Los mamíferos
Ambas especies de mamíferos terrestres nativas del hotspot son murciélagos endémicos, uno de los cuales es el único representante vivo de la familia de murciélagos endémicos. mistacinidae: el murciélago de cola corta menor de Nueva Zelanda Vunlerable (Mystacina tuberculata). Esta especie de murciélago es una rareza porque camina a cuatro patas en el suelo en entornos libres de depredadores. Su pariente, el murciélago mayor de cola corta (Mistacina robusta) está En Peligro Crítico y posiblemente extinta.
reptiles
Casi 40 especies de reptiles se encuentran en Nueva Zelanda, y todas son exclusivas de las islas. La fauna se compone únicamente de geckos y eslizones, y no hay especies de serpientes autóctonas. Además, cinco de los seis géneros de reptiles son endémicos del hotspot. La región también cuenta con toda una orden endémica, los tuataras (Orden Rinocefalia). Los tuataras se asemejan a las iguanas y son especies primitivas que existen desde la era de los dinosaurios, famosas por su tercer ojo bien desarrollado. Aunque los tuátaras alguna vez se extendieron por gran parte del punto de acceso, la llegada de la rata de Polinesia (Rattus exulans) redujo considerablemente su número.
Anfibios
Los anfibios están representados en Nueva Zelanda por cuatro especies de ranas primitivas de la familia endémica Leiopelmatidae. Las cuatro especies están amenazadas, entre ellas la rana de Archey, en Peligro Crítico (Leiopelma archeyi), que se encuentra en la Isla Norte en la cordillera de Whareorino en el oeste y en las cordilleras de Coromandel en el este, y ha sido gravemente afectada por el hongo quitridio.
Peces de agua dulce
De las casi 40 especies de peces de agua dulce nativas de Nueva Zelanda, alrededor de 25 (64 por ciento) no se encuentran en ningún otro lugar. La fauna de peces está dominada por miembros de la familia galáxiidos, un grupo de peces de agua fría parecidos a las truchas restringidos a los extremos del sur de América del Sur, África, Australia y Nueva Zelanda. Casi 20 de las más de 50 especies de galáxidos conocidas en todo el mundo se encuentran en Nueva Zelanda, y casi todas son endémicas del punto crítico.
Invertebrados
Un elemento distintivo de la biota de Nueva Zelanda es la presencia generalizada de gigantismo. Aunque algunas de las formas gigantes incluyen los ahora extintos moas no voladores y el águila de Haast, este elemento todavía se nota en algunos insectos gigantes, miriápodos, platelmintos, caracoles terrestres, ciempiés, babosas y lombrices de tierra. El insecto más pesado del mundo, el weta o grillo sin alas de Little Barrier Island (también conocido como Hauturu) pesa hasta 70 gramos y es una de las 12 especies de Deinacrida, cuyos antepasados vagaban por los bosques jurásicos.