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Hasta hace poco, las amenazas a la biodiversidad de la planicie costera de América del Norte se pasaban por alto porque la gente no se daba cuenta de la abundancia de flora y fauna que se encuentra aquí. Hoy en día, las principales amenazas al hotspot incluyen:
Supresión De Incendios
La supresión de los incendios naturales en toda la región ha provocado que los matorrales crezcan en exceso en las sabanas, pinares y bosques. Cuando el matorral se vuelve demasiado denso, la calidad del hábitat se reduce, dejando menos animales con ambientes adecuados y menos plantas con la oportunidad de crecer. El pino de hoja larga en peligro de extinción (Pinus palustris), pájaro carpintero de escarapela roja (Leuconotopicus boreal), salicaria de hoja rugosa (Lysimachia asperulifolia), Vulnerable Florida matorral arrendajo (Afelocoma coerulescens), rana ardilla (Lithobates capito), rana arborícola de los pinos baldíos (Dryofitos andersonii), y serpiente de pino de Luisiana en peligro de extinción (pituophis ruthveni) tienen todos pérdida sostenida de hábitat debido a la supresión de incendios.
Deforestación
La deforestación con fines agrícolas y para el desarrollo de infraestructura es otra amenaza grave. Además de la destrucción del hábitat del tritón de puntos negros en peligro de extinción (Notophthalmus meridionalis), sapo de Houston en peligro de extinción (Anaxyrus houstonensis), rana ardilla (Lithobates capito) y murciélago con bonete de Florida (Eumops floridanus), los pesticidas y la contaminación del agua generada industrialmente contribuyen al declive de la especie.
La deforestación también ha afectado al pino de hoja larga en peligro de extinción (Pinus palustris), que se colocó en la lista de especies en peligro de extinción porque la recolección excesiva ha exacerbado la pérdida de hábitat anterior por la prevención de incendios forestales.
Cambio Climático
El cambio climático global contribuye a la pérdida de hábitat en el hotspot. Los manglares de Florida que constituyen el hábitat del venado Key (Odocoileus virginianus clavium) son especialmente vulnerables a los efectos del cambio climático global debido al aumento del nivel del mar y los cambios en la salinidad.
Los pesticidas
Cuando los hábitats se convierten en tierras agrícolas, se usan herbicidas e insecticidas para maximizar la producción de cultivos, pero estos pesticidas pueden dañar a las especies en las regiones en las que se usan. El tritón de puntos negros en peligro de extinción (Notophthalmus meridionalis) y Goodeid rayado en peligro de extinción (Ataeniobius torres) están amenazados por pesticidas y otros tipos de contaminación. A pesar de la necesidad de conservación, estos animales no han sido el foco de los esfuerzos de conservación en el pasado debido a su baja importancia económica.