Hoy, solo el 30 por ciento de la vegetación original del suroeste de Australia permanece en condiciones más o menos prístinas. Las amenazas a la biodiversidad del hotspot incluyen:
Agricultura
El mayor impacto humano en el suroeste de Australia ha sido la tala de vegetación nativa para la agricultura. El desarrollo agrícola comenzó en 1829, con la llegada de los primeros colonos europeos a la región. Sin embargo, debido a los suelos pobres, el desarrollo progresó lentamente hasta la década de 1890, cuando se introdujeron los fertilizantes fosfatados. Hoy en día, la mayor parte de las tierras privadas utilizables de la región se dedican a la agricultura, aunque requiere la aplicación de fosfato, además de zinc, cobre, cobalto y molibdeno.
Incendios
Debido a las largas estaciones secas de la región, los incendios forestales se han utilizado tradicionalmente para la caza y el desmonte. Aunque las plantas nativas están altamente adaptadas al fuego, la alteración o intensificación de los regímenes de quema puede cambiar drásticamente la composición y condición de la vegetación natural.
Enfermedad de la raíz
Una de las amenazas actuales más graves para la vegetación natural del suroeste de Australia es la propagación de la enfermedad de la raíz, o "muerte regresiva de la jarrah", causada por el hongo de la raíz. Phytophthora cinnamomi. La enfermedad se notó por primera vez en los bosques de jarrah en 1940, pero no se identificó hasta 1965. En ese momento, miles de hectáreas de bosque habían sido infectadas y muertas. La enfermedad de la raíz ahora se está extendiendo a otros hábitats, incluidos los matorrales de kwongan y, en particular, al Parque Nacional Stirling Range, donde ha causado la mortalidad entre plantas susceptibles como los árboles de hierba (xantorrea spp.) y miembros de Proteaceae, especialmente Banksias.
Minería
La minería a gran escala de bauxita es cada vez más una amenaza para los ecosistemas del hotspot; la región es una de las mayores productoras de alúmina del mundo. La minería a cielo abierto destruye hábitats y contamina los cursos de agua. Sin embargo, los recientes esfuerzos de recuperación han tenido éxito en el establecimiento de plantas nativas en pozos de minas abandonadas, una técnica que promete para el manejo de la tierra en la región.
Especies exóticas introducidas
Las especies exóticas introducidas, especialmente zorros y gatos, amenazan la fauna autóctona y han provocado importantes disminuciones de especies como el numbat en peligro de extinción (Myrmecobius fasciatus) en el suroeste de Australia. Los administradores de tierras han envenenado con éxito estas especies exóticas con fluoroacetato de sodio; Sorprendentemente, los mamíferos nativos son inmunes al veneno porque el compuesto se encuentra naturalmente en las hojas de muchas legumbres nativas.