En 1988, un documento innovador del ecólogo británico Norman Myers identificó por primera vez 10 “puntos calientes” de bosques tropicales caracterizados tanto por un número excepcional de especies de plantas únicas como por niveles graves de pérdida de hábitat. En 1990, Myers agregó otros ocho puntos críticos, incluidos cuatro ecosistemas de tipo mediterráneo.
Conservation International, uno de los CEPF organizaciones socias donantes globales adoptó los hotspots de Myers como su modelo institucional en 1989 y, en 1996, la organización emprendió una nueva evaluación del concepto de hotspot, incluido un examen de si se habían pasado por alto áreas clave del planeta.
Tres años más tarde se llevó a cabo una extensa revisión global, que introdujo umbrales cuantitativos para la designación de puntos críticos de biodiversidad y resultó en la designación de 25.
En 1999, se publicó el libro seminal "Hotspots". Poco después de su publicación, Conservación Internacional, el Banco Mundial y el Fondo para el Medio Ambiente Mundial se unieron para crear la asociación CEPF para conservar estos preciados puntos críticos. La Fundación John D. y Catherine T. MacArthur, el Gobierno de Japón, l'Agence Française de Développement (La Agencia Francesa de Desarrollo) y la Unión Europea se unieron más tarde a la asociación.
Las amenazas y sus impactos cambian al igual que nuestro conocimiento de la biodiversidad. En 2004, basado en el trabajo de casi 400 especialistas, se publicó el libro "Hotspots Revisited" en el que se reconocen nueve puntos críticos adicionales. Una de ellas, las Islas de Melanesia Oriental, estaba prácticamente intacta cuando se publicó el primer libro "Hotspots". Menos de una década después, la tala desenfrenada y el establecimiento de plantaciones de palma aceitera habían devastado el hábitat de las islas, dejando solo el 30 por ciento de los bosques restantes.
Después de la publicación de "Hotspots Revisited", se identificaron dos puntos críticos adicionales. En 2011, el Bosques del este de Australia fue declarado el 35 y en 2016, el Llanura costera de América del Norte se convirtió en el 36 del planeta.