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Plantas
Japón alberga aproximadamente 5,600 especies de plantas vasculares, de las cuales se cree que aproximadamente un tercio son endémicas. Entre las plantas notables de Japón hay varias especies raras y endémicas que son bien conocidas como favoritas en los jardines, tanto en Japón como en todo el mundo en climas templados. Estos incluyen Shirane-aoi (Glaucidium palmatum) y Togakushis gouma (Ranzania japónica), que se encuentra solo en las altas montañas desde el centro hasta el norte de Honshu.
exoticas
Se sabe que casi 370 especies de aves ocurren regularmente en Japón, aunque solo 13 son endémicas, entre las que se encuentra el pájaro carpintero de Okinawa, en peligro crítico de extinción (Dendrocopos noguchii) y el ojo blanco de Bonin (Apalopteron familiar). Japón también es compatible con algunas poblaciones importantes de aves acuáticas, incluidas las poblaciones de la grulla de corona roja en peligro de extinción (Grus japonés).
Trágicamente, Japón ya ha sufrido una crisis de extinción de aves, con varias especies del archipiélago Ryukyu del sur y el archipiélago de Okasawara del este, perdidas en los últimos dos siglos. Estos incluyen la paloma torcaz de Ryukyu (columba jouyi) y la paloma torcaz de Bonin (C. versicolor), el zorzal de Bonin (Zoothera terrestris), y el picogrueso de Bonin (Carpodaco ferreorostris). Las cuatro extinciones fueron impulsadas principalmente por la introducción de especies exóticas, en particular de ratas y gatos.
Los mamíferos
Japón alberga solo alrededor de 90 especies de mamíferos, pero aproximadamente la mitad de estos son endémicos del punto de acceso. La isla de Sado, una isla de menos de 1,000 km² al oeste de Honshu, tiene un mamífero endémico, la musaraña de Sado, el topo de Sado (Mogera tokudae).
Uno de los mamíferos más conocidos de Japón es el macaco japonés (Macaca fuscata), el mono que vive más al norte del mundo. Una subespecie, el macaco Yaku-shima (M. fuscata yakui), se encuentra solo en la isla de Yaku.
reptiles
Japón tiene más de 65 especies de reptiles, casi 30 de las cuales son endémicas. La fauna de reptiles incluye una serie de especies amenazadas, la tortuga hoja de pecho negro Ryukyu en peligro de extinción (Geoemyda japónica,) y la serpiente de arroyo de Kikuzato, en peligro crítico (Opistotropis kikuzatoi) entre ellos.
Anfibios
El endemismo es particularmente alto entre los anfibios, con 44 de 50 especies encontradas solo en Japón. el genero anfibio Hinobio está muy bien representada, con alrededor de 15 de las 25 especies conocidas en todo el mundo endémicas del hotspot, una de las cuales, la salamandra Oki en Peligro Crítico (H. okiensis), se limita por completo a Dogo, de Okino-shima en la prefectura de Shimane.
La salamandra gigante japonesa (Andrias japonicus), que se encuentra en el oeste de Honshu, Shikoku y Kyushu, puede crecer hasta más de un metro de largo y es uno de los anfibios más grandes del mundo. Una vez amenazada por el consumo humano, la salamandra ahora se considera un monumento natural y está protegida por ley.
Peces de agua dulce
Japón tiene casi 215 especies nativas de peces de agua dulce, más de 50 de las cuales son endémicas. Si bien la mayoría de las aguas continentales están dominadas por peces que ingresan desde el mar, también hay una representación significativa de grupos estrictamente de agua dulce, incluidos los pececillos (Cyprinidae) y las lochas (Cobitidae y Balitoridae) que se han diversificado dentro del hotspot y representan casi la mitad de los endémicos. especies y tres de cuatro géneros endémicos. La aparición de cinco lampreas y cuatro esturiones de linajes antiguos significa que Japón también posee una cantidad desproporcionadamente grande de la historia evolutiva de los peces.
Invertebrados
Algunos grupos de invertebrados están muy bien documentados en Japón. Por ejemplo, se cree que casi 240 especies de mariposas son nativas de Japón (aunque esto incluye especies naturalizadas), y cerca de 25 especies de escarabajos tigre están registradas en el punto crítico (alrededor de una cuarta parte de las cuales son endémicas).