Debido a que gran parte de la población japonesa vive en un porcentaje tan pequeño del país (aproximadamente el 70 por ciento en el tres por ciento de la tierra), gran parte de las áreas restantes de Japón están bastante subdesarrolladas. Sin embargo, se cree que solo alrededor del 20 por ciento de la vegetación original del país permanece intacta.
Después de la Segunda Guerra Mundial, la Agencia Forestal de Japón promovió la tala de los bosques de coníferas de gran altura y los reemplazó con especies maderables japonesas como el sugi (Cryptomeria japónica) y Kara-matsu (Larix leptolepis). Hoy en día, las plantaciones están muy extendidas en Japón. Sin embargo, a diferencia de muchos otros puntos críticos, los bosques restantes de Japón no enfrentan una amenaza elevada debido a la tala, debido al alto costo de la madera japonesa en comparación con las importaciones baratas de otros países.
Por otro lado, la riqueza y el creciente interés de Japón por el ocio han ejercido un tipo diferente de presión sobre el entorno natural. Se están talando bosques para construir estaciones de esquí y campos de golf, y se están construyendo más caminos para acomodar el aumento constante de automóviles y el creciente deseo de utilizar el transporte privado en lugar del público. Además, las mejoras en el transporte público, como el tren bala, han hecho que sea aún más fácil viajar a áreas del país que alguna vez fueron remotas y poco desarrolladas.
Las regiones costeras y los humedales también se están perdiendo debido al desarrollo, principalmente la expansión agrícola, la canalización de ríos y la construcción de carreteras. En Hokkaido, los humedales favorecidos por las grullas de corona roja que anidan continúan desapareciendo debido al desarrollo, principalmente la expansión agrícola, la canalización de ríos y la construcción de carreteras.
Al igual que en las islas principales, las islas más pequeñas del archipiélago de Ryukyu y el archipiélago de Ogasawara han perdido su hábitat debido a las plantaciones de madera y el desarrollo urbano. Casi todo el bosque subtropical original del archipiélago de Ogasawara ha sido talado, y en el archipiélago de Ryukyu solo quedan pequeñas áreas en Amami y Okinawa, principalmente en áreas protegidas.
Finalmente, las plantas y animales exóticos invasores representan una amenaza para la fauna y la flora autóctonas de Japón. Algunas de estas especies, incluida la mangosta gris india (Herpestes edwardsi)), mangosta de Java (H. javanicus) y comadreja siberiana (Mustela sibirica) se introdujeron con el fin de controlar las serpientes, pero en cambio han causado una disminución significativa de muchas aves nativas y pequeños mamíferos. Las cabras introducidas son un problema en varias islas y la lobina de boca grande (Micropterus salmoides) representan una seria amenaza para los peces nativos en todo el hotspot.