Aunque la gente llegó a Nueva Zelanda relativamente tarde, hace unos 700 u 800 años, los efectos humanos en la tierra y los ecosistemas naturales han sido extensos. El primer gran impacto fue la caza, la pesca y la recolección por parte de los maoríes, lo que provocó la extinción de especies de aves autóctonas como los moas gigantes y las águilas.
Sin embargo, una amenaza aún mayor para la biodiversidad nativa del hotspot fue la introducción de especies exóticas invasoras. Cuando los europeos llegaron a las islas a principios del siglo XIX, trajeron consigo 34 especies exóticas de mamíferos (incluyendo zarigüeyas de cola de cepillo, conejos, gatos, cabras, armiños, hurones y muchas especies de aves europeas) y cientos de especies de plantas exóticas, algunas de los cuales se han vuelto invasivos. Junto con el impacto de la caza (y también la destrucción extensiva del hábitat), los últimos doscientos años han sido testigos de la extinción de 16 aves terrestres, un murciélago endémico, un pez, al menos una docena de invertebrados y 10 plantas. Varias otras especies sobreviven solo en pequeñas poblaciones en islas cercanas a la costa.
Hoy en día, las especies exóticas invasoras siguen siendo una amenaza importante para la biodiversidad de Nueva Zelanda, pero la destrucción de hábitats a gran escala, a través de la deforestación, el drenaje de humedales y la degradación de los ecosistemas, representa un problema igualmente grave.